Das ist ein leidiges Problem, das einige Nutzer immer wieder mal haben und andere gar nicht. Nach meinem Gefühl könnte es damit zusammenhängen, wie rigoros man die Kategorien löscht und neu erstellt. Umbenennen ist vermutlich die bessere Wahl. Die genaue Ursache ist meines Wissens bisher unbekannt und es gibt bisher auch keine wirkliche Lösung dafür. Vielleicht hilft aber als Notlösung das Benennen der neuen Kategorien mit einer Zahl am Anfang etwas weiter, wodurch die Liste dann aufgeräumter erscheint:
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